Pada awalnya umat kristen katolik yang berada di Jepang, pergi ke gereja berbahasa Jepang, secara individu. Pada jaman duta besar bapak A.J. Witono (1975-1979) yang beragama katolik, bapak dubes mulai membuat misa berbahasa Indonesia di Wisma Duta. Warga kristen （selain katolik） juga bergabung dalam kegiatan ekaristi maupun kegiatan kekeluargaan lainnya. Pastor pada saat ini adalah pastor Koendjono SJ, yang termasuk pendiri Sanata Darma yang tidak lama melayani karena sakit jantung dan pulang ke Indonesia. Digantikan oleh pastor Bob Webber SJ.
Menjelang kepulangan bapak Witono menyuruh Bapak Tris Soeratman dan Bapak Sudjarno untuk mencari gereja yang bisa dipakai untuk mengadakan misa berbahasa Indonesia. Sejak 1978, misa dipindahkan ke kapel gereja St. Anselmo Meguro dengan misa berbahasa Indonesia setiap Sabtu pukul 5 sore. sampai saat ini.
Kapan Keluarga Masyarakat Kristen Indonesia dimulai? Tidak ada dokumen khusus yang mencatat berdirinya KMKI secara resmi. Namun kegiatan umat kristen dan katolik memang sudah berlangsung lama. Sampai akhirnya umat kristen (protestan) memutuskan untuk membentuk Tokyo Fukuin Kyoukai Indonesia (TFKI) dengan kebaktian perdana 27 Agustus 1989 dengan pendeta Yasuo Atsumi. Catatan kegiatan KMKI yang bisa ditelusuri baru sampai catatan saya sebagai penulis yaitu pada tahun 1992/3, namun bolehlah kita katakan bahwa KMKI berdiri sama dengan berdirinya TFKI (sekarang bernama GIII Gereja Interdenominasi Injili Indonesia) tahun 1989.
Pada tahun yang sama 1989, bulan Desember berdirilah persekutuan AGAPE yang menjadi bagian dari gereja GISI (Gereja Injil Seutuh Indonesia, pusat di Jakarta). Agape yang kemudian berubah nama menjadi IFGF (International Full Gospel Fellowship) terutama aktif dalam kegiatan KMKI semenjak Pastor Caleb Supratman datang ke Jepang tahun 1991.
Saat ini KMKI didukung oleh KKIT/KKIY (Keluarga Katolik Indonesia Tokyo/Yokohama), GIII (Gereja Interdenominasi Injili Indonesia) dan IFGF (Internationl Full Gospel Fellowship) dengan 2-3 kegiatan besar setiap tahun yaitu Kebaktian Paskah, Kebaktian Padang dan Natal Bersama.
penulis : Imelda Coutrier